Pohjukkaissuolihaavauma syntyy usein vatsakatarrin eli vatsan ja pohjukkaissuolen limakalvon ärsytyksen seurauksena oireiden pitkittyessä. Normaali vatsalaukun eritystoiminta ylläpitää ruoansulatukselle sopivaa happo- ja entsyymipitoisuutta. Toiminnan häiriintyessä, esimerkiksi stressin ja muun autonomista hermostoa kiihdyttävän toiminnan tuloksena voi syntyä tilanne, jossa vatsalaukun haponeritys pitkittyy ja siirtyy ohutsuolen limakalvolle synnyttäen haavauman, joka pitkittyessään voi aiheuttaa suoranaisen repeämän ja suolen sisällön valumiseen vatsaonteloon.

Viime vuosikymmenien aikana ruoansulatuselinten sairauksien hoito on muuttunut nopeasti. Aiemmin ennen sairauden kaikkia syntymekanismin tuntemista ruoansulatuselimistön kirurginen hoito oli yleisempää. 1980-luvulla lisääntynyt tietoisuus helicobakteerin osuudesta vatsalaukun ja pohjukkaissuolen limakalvon infektion ja haavauman syntyyn on tuottanut helikobakteerin häätöhoidon, joka vähensi dramaattisesti aiemmin yleisempää ruoansulatuselinten kirurgista hoitoa.

Ruoansulatuselinten hoidossa helicobakteeri-infektion määritys on nykyään keskeinen selvitettävä asia. Sitä löytyy edelleen merkittävältä osalta suomalaista väestöä. Erityisesti Pohjois-Suomessa helicobakteerin esiintyminen on ollut yleisempää. Tämä johtui pitkälti muuta Suomea huonommista asumisoloista Lapin Sodan jälkeen, jolloin yleinen asumismuoto oli pitkään maakuoppa. Helikobakteerin määritys perustuu niiden vastaa-aineiden määritykseen verestä.. Myös suoraa pikatestiä käytetään nykyisin. Jos helikobakteeri-infektio todetaan samalla tule se myös häätöhoitaa siihen tarkoitetulla kolmoislääkityksellä.