Valtaosa refluksitautia potevista hyötyy ei-leikkauksellisesta refluksitaudin hoidosta riittävästi ja leikkaushoidon tarvetta on vain pienemmällä osalla hoidetuista. Osalla sairautta potevista on vaikeuksia sitoutua tai eivät halua pitkäaikaista lääkehoitoa, jonka vuoksi valitaan leikkaushoito pääasialliseksi hoitomuodoksi. Tähystyksellä tehtävien leikkausten määrä on myös lisääntynyt, mikä on madaltanut edelleen kynnystä leikkauksiin.

Kirurgisen hoidon aiheita ovat tilanteen paheneminen lääkehoidosta huolimatta, ruokatorven limakalvon pahat tulehdukset, solumuutokset ja verenvuoto, sekä hankalat nielemisvaikeudet. Ns. Barrettin ruokatorveksi kutsutaan ruokatorven alaosien syöpää edeltäväiä solumuutoksia, jotka aiheuttavat kudosmuutosten leikkausten tarpeen. Jos reilun kolmen kuukauden salpaajahoidolla ei saada tilannetta hallintaan, voidaan harkita kirurgin johdolla leikkausmahdollisuutta.

Leikkaustekniikoita on monia, mutta periaatteena on kiristää ruokatorven alimpaa sulkijalihasta, jotta se pystyisi vastustamaan happaman ruokasulan palautumista mahalaukusta takaisin ruokatorveen. Leikkauksista käytetyimpiä ovat on Nissenin Fudoplikaatio sekä Toupet`n fundoplikaatio. Leikkaushoidolla kyetään estämään takaisinvirtausta yli 90% leikatuista, joten leikkauksen tulokset ovat yleensä onnistuneita. On kuitenkin muistettava, ettei riskitöntä leikkausta ole ja leikkauksen epäonnistumisen riski on arvioitu 1/100 leikkausta kohti. Leikkauksessa tehdyt ompeleet voivat pettää tai ruokatorven sulkija-aukko on liian ahdas. Myös tulehdukset saattavat aiheuttaa komplikaatioita.